Community structure and diversity of the microbiomes of two microhabitats at the root–soil interface: implications of meta-analysis of the root-zone soil and root endosphere microbial communities in Xiong'an New Area.

The diversity of the microbial compositions of the root-zone soil (the rhizosphere-surrounding soil) and root endosphere (all inner root tissues) of Pinus tabulaeformis Carr. and Ginkgo biloba L. were evaluated in Xiong'an New Area using high-throughput sequencing; the influence of the soil edaphic parameters on microbial community compositions was also evaluated. Our results showed that both the taxonomic and phylogenetic diversities of the root endosphere were lower than those of the root-zone soil, but the variation in the endosphere microbial community structure was remarkably higher than that of the root-zone soil. Spearman correlation analysis showed that the soil organic matter, total nitrogen, total phosphate, total potassium, ratio of carbon to nitrogen, and pH significantly explained the α-diversity of the bacterial community and that total nitrogen differentially contributed to the α-diversity of the fungal community. Variation partitioning analysis showed that plant species had a greater influence on microbial composition variations than did any other soil property, although soil chemical parameters explained more variation when integrated. Together, our results suggest that both plant species and soil chemical parameters played a critical role in shaping the microbial community composition. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La diversité de la composition microbienne du sol de la zone racinaire (le sol environnant la rhizosphère) et de l'endosphère racinaire (l'ensemble des tissus internes des racines) de deux genres végétaux Pinus tabulaeformis Carr. et Ginkgo biloba L. a été évaluée dans la Nouvelle Zone de Xiong'an à l'aide du séquençage à haut débit, de même que l'influence des paramètres édaphiques du sol sur la composition des communautés microbiennes. Les résultats des auteurs ont montré que la diversité taxonomique et phylogénétique de l'endosphère racinaire était plus faible que celle du sol de la zone racinaire, mais que la variation de la structure de la communauté microbienne de l'endosphère était remarquablement plus élevée que celle du sol de la zone racinaire. L'analyse de corrélation de Spearman montrait que la matière organique du sol (MOS), l'azote total (NT), le phosphate total (PT), le potassium total (KT), le rapport carbone sur azote (C/N) et le pH contribuaient significativement à la diversité α de la communauté bactérienne et que le NT contribuait de manière différentielle à la diversité α de la communauté fongique. L'analyse de partitionnement de la variation (APV) montrait que l'effet des espèces végétales sur la variation de la composition microbienne était plus important que l'influence de toute autre propriété du sol, bien que les paramètres chimiques du sol contribuent davantage à la variation lorsqu'intégrés. Dans l'ensemble, ces résultats suggèrent que les deux espèces végétales et les paramètres chimiques du sol ont joué un rôle central pour façonner la composition de la communauté microbienne. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]

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