Current approaches for RNA-labelling to identify RNA-binding proteins1.

RNA is involved in all domains of life, playing critical roles in a host of gene expression processes, host-defense mechanisms, cell proliferation, and diseases. A critical component in many of these events is the ability for RNA to interact with proteins. Over the past few decades, our understanding of such RNA–protein interactions and their importance has driven the search and development of new techniques for the identification of RNA-binding proteins. In determining which proteins bind to the RNA of interest, it is often useful to use the approach where the RNA molecule is the "bait" and allow it to capture proteins from a lysate or other relevant solution. Here, we review a collection of methods for modifying RNA to capture RNA-binding proteins. These include small-molecule modification, the addition of aptamers, DNA-anchoring, and nucleotide substitution. With each, we provide examples of their application, as well as highlight their advantages and potential challenges. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

L'ARN est impliqué dans tous les domaines de la vie, jouant un rôle clé dans nombre de processus d'expression génique, de mécanismes de défense de l'hôte, dans la prolifération cellulaire et les maladies. Une composante importante de plusieurs de ces manifestations consiste en la capacité de l'ARN à interagir avec les protéines. Au cours des quelques dernières décennies, notre compréhension de telles interactions ARN–protéines et de leur importance a stimulé la recherche et le développement de nouvelles techniques visant l'identification de protéines liant l'ARN. Afin de déterminer quelles protéines se lient à un ARN d'intérêt, il est souvent utile d'utiliser une approche où la molécule d'ARN sert d'appât, lui permettant de capturer les protéines d'un lysat ou d'une autre solution pertinente. Les auteurs font ici la synthèse d'une série de méthodes pour modifier l'ARN afin de capturer des protéines liant l'ARN. Celles-ci comprennent la modification de petites molécules, l'ajout d'aptamères, l'ancrage d'ADN et la substitution de nucléotides. Pour chacune, ils fournissent des exemples de leur application et soulignent leurs avantages et défis potentiels. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]

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