Bacterial microbiome associated with the rhizosphere and root interior of crops in Saskatchewan, Canada.

Rhizosphere and root associated bacteria are key components of plant microbiomes and influence crop production. In sustainable agriculture, it is important to investigate bacteria diversity in various plant species and how edaphic factors influence the bacterial microbiome. In this study, we used high-throughput sequencing to assess bacterial communities associated with the rhizosphere and root interior of canola, wheat, field pea, and lentil grown at four locations in Saskatchewan, Canada. Rhizosphere bacteria communities exhibited distinct profiles among crops and sampling locations. However, each crop was associated with distinct root endophytic bacterial communities, suggesting that crop species may influence the selection of root bacterial microbiome. Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetes were the dominant phyla in the root interior, whereas Gemmatimonadetes, Firmicutes, and Acidobacteria were prevalent in the rhizosphere soil. Pseudomonas and Stenotrophomonas were predominant in the rhizosphere and root interior, whereas Acinetobacter, Arthrobacter, Rhizobium, Streptomyces, Variovorax, and Xanthomonas were dominant in the root interior of all crops. The relative abundance of specific bacterial groups in the rhizosphere correlated with soil pH and silt and organic matter contents; however, there was no correlation between root endophytes and analyzed soil properties. These results suggest that the root microbiome may be modulated by plant factors rather than soil characteristics. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Les bactéries associées à la rhizosphère et aux racines sont des composantes clés du microbiome des végétaux et elles influencent les cultures agricoles. En agriculture durable, il est important d'examiner la diversité des bactéries chez différentes espèces végétales et d'étudier comment les facteurs édaphiques influencent le microbiome bactérien. Dans cette étude, les auteurs ont utilisé le séquençage à haut débit pour évaluer les communautés bactériennes associées à la rhizosphère et à l'intérieur des racines du canola, du blé, du pois des champs et de la lentille cultivés dans quatre régions de la Saskatchewan, Canada. Les communautés bactériennes de la rhizosphère présentaient des profils distincts en fonction des cultures et des régions d'échantillonnage. Cependant, chaque culture s'associait à des communautés bactériennes endophytes racinaires distinctes, suggérant que l'espèce de culture peut influencer la sélection du microbiome bactérien racinaire. Les Proteobacteria , Actinobacteria et Bacteroidetes constituaient les phylums dominants de l'intérieur des racines, alors que les Gemmatimonadetes , Firmicutes et Acidobacteria étaient prédominantes dans la rhizosphère du sol. Pseudomonas et Stenotrophomonas étaient prédominantes dans la rhizosphère et l'intérieur des racines, alors que Acinetobacter , Arthrobacter , Rhizobium , Streptomyces , Variovorax et Xanthomonas étaient dominantes dans l'intérieur des racines de toutes les cultures. L'abondance relative de groupes bactériens spécifiques dans la rhizosphère était en corrélation avec le pH du sol, les contenus en silt et en matière organique, contrairement aux endophytes des racines pour lesquels il n'y avait pas de corrélation avec les propriétés des sols analysés. Ces résultats suggèrent que le microbiome racinaire peut être modulé par des facteurs végétaux plutôt que par les caractéristiques du sol. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]

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