العلاقة المظهرية والجينية لانواع جنس Streptomyces spp. المعزولة من الترب الملوثة بالهيدروكاربونات (Arabic)

Phenetic and Phylogenetic Analysis of Streptomyces spp. Isolated from Hydrocarbons Polluted Soil. (English)

The research aims to highlight the role of polyphasic classification, which includes both phenotypic and genetic classification to determine and stabilize species characteristics within the genus Streptomyces, which is difficult to classify due to the large number of species and the large heterogeneity of phenotypic traits, in addition to its role in several areas, including Environments through resistance to many salts of heavy elements present in environments contaminated with hydrocarbons and their participation in the disposal of pollutants. In this study 6 isolates of Streptomyces obtained from 20 hydrocarbons contaminated and garden soil have been isolated and identified through phenotypic & genotypic characteristics using nucleotide sequence of the 16s rDNA gene by universal primers 27f & 1392r following strains were identified to two strains that similar to Streptomyces flavogriseus ATCC 33331 , two strains belongs to Streptomyces albus J1074 & two strains belongs Streptomyces coelicolor A3(2). Depending on 48 of phenotypic characteristic by using numerical taxonomy , average linkage method and simple matching coefficient (Ssm) using statistical program SPSS. The strains grouped to three clusters in hierarchical tree, the two strains belongs to Streptomyces coelicolor grouped in cluster A at similarity of 99%, the two strains belongs to Streptomyces albus grouped in cluster B at similarity of 95% & the two strains that belongs to Streptomyces flavogriseus accumulate in cluster C at similarity of 95%. The color of colony of all strain was grey to white ,the aerial mycelium of Streptomyces coelicolor was branched spiral & rectalflex, while Streptomyces albus have branched condense spiral aerial mycelium , Streptomyces flavogriseus produced unbranched & rectalflex aerial mycelium. all of strains produced earthy odor. The all isolates showed tolerant to Nickel sulphate, Zinc sulphate, Lead acetate& nitrate, Silver acetate, Titanium dioxide, Cobalt nitrate & chloride. Also all isolates showed sensitivety to Mercuric sulphate & chloride. The results showed that all of strains were sensitive to Ciprofloxacin10 μg, Gentamicin10μg, Vancomycin 30 μg, Amikacin 10 μg, Imipenem 10 μg, Tobramycin 10 μg. In phylogenetic tree the species clustered in three group also as in phenetic tree in similarity percent between (96.7- 99.4%) by Clustal W program and Maximum likelihood method, using Mega5. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

يهدف البحث الى تسليط الضوء على دور التصنيف المتعدد Polyphasic والذي يضم كل من التصنيف المظهري والجيني لتحديد وتثبيت صفات النوع ضمن جنس الـStreptomyces الصعب التصنيف نتيجة كثرة الانواع والتغاير الكبير في الصفات المظهرية اضافة لدورها في مجالات عدة منها البيئة من خلال تحملها العديد من املاح العناصر الثقيلة الموجودة في البيئات الملوثة بالهيدروكاربونات واشتراكها في التخلص من الملوثات. تم عزل وتشخيص ست عزلات من البكتريا الخيطية التابعة لجنس Streptomyces من عشرين عينة تربة ملوثة بالهيدروكاربونات وترب حدائق. شخصت الى ثلاثة انواع اعتمادا على دراسة الصفات المظهرية والجينية من خلال دراسة تتابع جزء الـ16SrDNA باستخدام البادئ 27f و 1392r وشخصت سلالتين على انها تابعة للنوع Streptomyces flavogriseus ATCC 33331 وسلالتين للنوع Streptomyces coelicolor A3(2) واخيرا سلالتين تابعة للنوع Streptomyces albus J1074. اعتمادا على الصفات المظهرية والبالغة 48 صفة وباستخدام التصنيف العددي والربط باستخدام المعدل الموزون ومعامل التشابه البسيط Simple matching coefficient (Ssm) باستخدام البرنامج الاحصائي SPSS, تعنقدت السلالات في ثلاثة عناقيد ضمن المخطط الشجري ضم العنقود A سلالتين للنوعStreptomyces coelicolor مرتبطة عند نسبة تشابه 99% في حين تعنقدت سلالتي النوع Streptomyces albus ضمن العنقود B وعند نسبة تشابه 95% كما تعنقدت سلالتي النوع Streptomyces flavogriseus ضمن العنقود C وبنسبة تشابه 95%. اظهرت الانواع المعزولة مستعمرات طباشيرية رصاصية الى بيضاء وتميز الغزل الهوائي للنوع Streptomyces albus بكونه حلزوني مكبوس متفرع وكثيف في حين تميز بكون خيوط الغزل الهوائي متعرج وغير متفرع للنوع Streptomyces flavogriseus وظهر الغزل الهوائي للنوع Streptomyces coelicolor متفرع متحلزن ومتعرج وجميعها منتجة لرائحة التربة. اظهرت جميع الانواع قيد الدراسة حساسية لاملاح كل من كلوريد وكبريتات الزئبق، في حين اظهرت جميع الانواع مقاومة لكل من كلوريد ونترات الكوبلت وكبريتات الزنك ونترات وخلات الرصاص وكبريتات النيكل وخلات الفضة وثنائي اوكسيد التيتانيوم. اعطت جميع الانواع حساسية للمضاد الحيوي,Ciprofloxacin 10 مايكروغرام , 10 Tobramycinمايكروغرام , Gentamicin 10 مايكروغرام , Vancomycin 30 مايكروغرام , Amikacin10 مايكروغرام ,Imipenem 10 مايكروغرام. كما تعنقدت الانواع ايضا عند استخدام التصنيف الجيني الى ثلاثة عناقيد ضمن الشجرة التطورية وبنسب تشابه تراوحت بين 96.7- 99.4 %باستخدام Clustal W وطريقة maximum likelihood method باستخدام برنامج Mega 5. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Jornal of Biotechnology Research Center is the property of Republic of Iraq Ministry of Higher Education & Scientific Research (MOHESR) and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)